Podatelna potvrzuje, že zpráva byla doručena, zasíláním zprávy. Zpráva potvrzující doručení datové zprávy není potvrzení splnění náležitostí podání podle jiných právních předpisů. Podatelna zasílá zprávu o doručení nejpozději v první pracovní den, který bezprostředně následuje po dni doručení. Podatelna zasílá zprávu o doručení na elektronickou adresu, ze které byla zpráva odeslána. Pokud se zpráva o doručení vrátí podatelně jako nedoručitelná, podatelna provede jeden opakovaný pokus o její doručení.

Pokud datová zpráva obsahuje škodlivý kód, není považována za doručenou na podatelnu.
Elektronická podatelna provádí kontrolu, zda přijaté podání v elektronické podobě je čitelné, zda je podepsala osoba uvedená na kvalifikovaném certifikátu a zda je certifikát platný. Pokud je při této kontrole zjištěno, že toto podání má vady, postupuje se dále dle příslušných ustanovení správního řádu.

Pokud je škole dodán dokument v analogové podobě, který je neúplný nebo poškozený tak, že jej nelze zobrazit uživatelsky vnímatelným způsobem, nebo dokument v digitální podobě, který není dostupný podatelně, a lze-li z něj určit odesílatele a jeho kontaktní údaje nebo elektronickou adresu odesílatele, vyrozumí škola odesílatele o zjištěné vadě dokumentu a stanoví další postup pro její odstranění. Nepodaří-li se škole ve spolupráci s odesílatelem vadu dokumentu odstranit, škola dokument nezpracovává. Škola také nezpracovává dokument v analogové podobě, který je neúplný nebo poškozený tak, že jej nelze zobrazit uživatelsky vnímatelným způsobem a současně z něj nelze určit, kdo jej odeslal.